2001年11月，广元市疾病防备操控中心（挂广元市核应急医疗救援防护站牌子）建立，由具有50余年建站前史的原广元市卫生防疫站改制组成，是政府同意建立的财务全额拨款正县级公益一类事业单位，2015年高水平经过评定成为“三级乙等”疾控中心。
2020年正式申报三甲创立。在市委市政府、市卫生健康委的刚强领导下，该中心三甲创立作业被归入《“十三五规划”大纲》，作为重点作业推动。一直以来，该中心大力施行“重党建、强事务，抓机会、谋发展，保质量、促提高”战略，全市疾病防备操控作业屡创佳绩。
2021年1月全面发动“三甲”创立作业。该中心多措并重夯根底、多管齐下抓执行、多点开花见成效。2021年6月16日，该中心迎来了四川省疾控防备操控组织评定委员会评定专家组，省级评定专家组对中心等级评定作业进行了定见反应，必定了该中心在“十三五”期间作业成绩和亮点，终究高质量经过评定成功创立三级甲等疾控中心。